研究恶性肿瘤的重要材料就是肿瘤标本。北京大学临床肿瘤学院标本库始建于1996年，其职责是采集、保存和利用人类常见肿瘤的组织和血液标本，并对其进行科学的管理和质量控制。目的是充分利用肿瘤医院现有的肿瘤标本资源，为人类疾病的基础和临床研究提供研究材料。标本库于2000年底进行改建，在外科、手术室、病理科的配合下，现已初步形成标准化、规范化的样本采集、储存和管理体系。北京肿瘤医院标本库建成至今，已经收集了近5000份样本，目前现有深低温冰箱11台，重要的样本集中在其中7台卧式冰箱中。
我院标本库着重收集人类常见肿瘤的标本，在首先保证病理学诊断的前提下，收集剩余的组织标本。主要包括胃癌、食道癌、大肠癌、肝癌、胰腺癌、肺癌和乳腺癌等。组织样本为配对的癌与癌旁组织。多数病例同时采集配对的血液样本。血液样本为除去血细胞后的血清和血浆。样本的采集严格按照规范由专人执行，在标本的采集前常规需获得患者的知情同意。另外在“华夏英才出版基金”的资助下，我们主持编写了《肿瘤组织标本库常用实验技术手册》，该书内容涉及肿瘤标本常用实验技术，系统论述肿瘤组织标本收集、保存和利用。由科学出版社出版。
从2006起至今我们先后争取到了医院及研究所，北京市科委以及其他来源的资助，对现有的标本库进行了改造。逐步完善了1)样本的安全操作，使用生物安全柜用于组织和血液的分装与分离操作，使用专门的离心机;2)深低温冰箱的温度检测系统，使用Sensaphone
2000报警系统，在冰箱/环境温度异常，系统断电情况下通过电话报警，实时记录每台冰箱的温度情况，实时数据可以经电话和局域网访问;3)现有样本实现条形码/数据库系统管理，试管和储存盒上粘附的条形码采用深低温专用的Brady材料，可耐-196~120℃，数据库由标本库与北京首码公司合作研发，具体系统资料储存于执行购置的DELL
T105服务器中，由医院信息部提供了专门的内部网络系统，数据访问实现高度加密;4)样本质量的抽样检查：购置了Qiagen的Tissuelyser，可以高速地粉碎组织，从而减轻了既往提取组织的速度，使常规样本抽样检查以及部分样本的二次加工的工作大为简化。
北京大学肿瘤学院标本库与学科发展密切结合，围绕当今人类肿瘤研究的重大课题，建立了一个标准化的资源库和现代化的技术平台。今后力求通过新的工作模式，更充分有效、合理地利用宝贵的人类肿瘤标本资源。充分利用组织标本库的巨大资源优势，协助深入开展肿瘤的基础研究，造福千千万万肿瘤患者。
