液体活检可作为监测DLBCL基因型的工具
意大利研究者Silvia Rasi等报告,弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的细胞游离DNA(cfDNA)基因型具有以下作用:(1)在检测DLBCL中>15%体细胞等位基因突变的准确率上,与活检组织基因型检测的准确率相当;(2)可以检测出一些活检组织上不存在的基因突变,这可能与一些突变在解剖学位置上远离活检例点有关;(3)这是一种实时的、非侵入性的方式,可以用来追踪治疗耐药基因的产生和演化。(摘要号 127)
在DLBCL的诊断、预后或者治疗目标中,实时基因型检测的需求越来越迫切。由于DLBCL缺乏白血病阶段,肿瘤的基因分型迄今仍依赖于组织活检的诊断分析。cfDNA从肿瘤细胞脱落到血液中进而凋亡,可被作为肿瘤DNA的来源来检测癌基因体细胞突变。血样本对于实时监测突变具有明显的优势,此外,cfDNA代表着整个肿瘤的异质性,所以可以采用非活检部位的肿瘤细胞来检测突变。为了采用血浆cfDNA追踪DLBCL的基因表达谱,这项研究连续入组26例不同Ann Arbor分期(Ⅲ~Ⅳ期,共13例)和不同年龄调整的IPI评分(2~3分,13例)的DLBCL患者(>65岁者15例,男女比例为11:15),在诊断时、R-CHOP治疗过程中、治疗结束时以及病情进展时收集患者血浆cfDNA。同时从粒细胞提取配对的正常基因组DNA,用于筛选基因多态性。该研究设计的靶向重测序板包括59个基因(207 kb)的编码外显子和剪接位点,这些基因都是成熟B细胞肿瘤中高突变的基因,这个测序集合被特异设计成允许>90%的DLBCL至少存在一个突变。超深度二代测序(NGS)在MiSeq(Illumina)公司进行(覆盖率>2000×,包含>80%的目标序列),采用SepCap基因库建库策略(NimbleGen)。VarScan2的体细胞功能被用来诱导非同义体细胞突变,同时开发了一个严谨的生物信息学程序用于滤除测序错误。这项研究包含样本组和扩展组,样本组中有17例患者,从其活检组织中提取配对肿瘤DNA用来行超深度NGS建库;扩展组中9例患者,都缺少活检组织。
结果显示:共76例cfDNA样本(26例治疗前,28例治疗期间,18例治疗结束时,4例疾病进展时)接受了评价。治疗前cfDNA基因型揭示了已知的DLBCL相关基因突变(血浆的中位突变数为3168/ml,1.73~6.5×104/ml),包括MLL2(33%),TP53(25%),CREBBP和TNFAIP3(21%),EZH2、TBL1XR1、PIM1(17%),B2M、BCL2、CARD11、CCND3、FBXW7和STAT6(13%)。
血浆cfDNA基因型和肿瘤组织基因组DNA结果相比较可以得出cfDNA诊断基因型的准确性。配对血浆cfDNA的基因型可准确检测79%的肿瘤组织突变。大部分在cfDNA中未发现的突变在肿瘤活检组织中低表达(中位等位基因丰度为5.7%,0.8%~54%)。同样,ROC分析结果显示,如果肿瘤组织中>15%的等位基因突变,cfDNA基因型具有最高的灵敏度(92%)。
血浆cfDNA基因型还揭示了其他一些体细胞突变(<2/人,1~6/人),这些在活检组织中未被检测到,包括一些临床相关的基因突变。纵向分析DLBCL经R-CHOP治疗的血浆样本,结果显示对治疗反应较好的患者在1个疗程后cfDNA的一些突变消失了。而在对R-CHOP抵抗的患者中,cfDNA中常见的DLBCL突变仍存在。此外,对于治疗抵抗的患者,cfDNA出现了新的突变,推测在治疗过程中克隆演化出一些耐药基因。
(编译 刘成成 审校 王亮 吕跃)
中山大学附属肿瘤医院 吕跃教授述评:
细胞游离DNA(cfDNA)的检测正在不断的应用于肿瘤诊断和肿瘤治疗的监测,被称之为液体活检。淋巴瘤的治疗的肿瘤细胞监测一直是个难题,液体活检的发展,有望对解决这一问题提供帮助。