美国肯塔基大学公共卫生学院Kuhs等报告，HPV16遗传变异与人乳头瘤病毒相关的口咽癌(HPV-OPC)患者的预后相关，可提高预后的预测准确性。(Ann Oncol. 2022年3月16日在线版 DOI: 10.1016/j.annonc.2022.03.005)

为了探究HPV16基因组的遗传变异并评估其与HPV-OPC患者生存的关联，该项大型全基因组测序研究自美国2个大型医疗中心(1980~2017)入组460例OPC患者，并给予HPV16全基因组测序，以确定HPV16基因组中的SNP(Site-specific variable position)。

结果显示，384个OPC(83.48%)通过了质量控制过滤器，且HPV16基因组测序的深度和广度足供分析。发现了284个次要等位基因频率>1%的HPV16 SNP。校正错误发现率(FDR：单个患病率为1.0%~5.5%，复合患病率为15.10%)后，8个HPV16 SNP与较差的生存显著相关，包括E1基因1053位(总生存：HR=3.75，95%CI 1.77~7.95，P=0.0099)，L2基因4410位(HR=5.32，95%CI 1.91~14.81，P=0.0120)和4539位(HR=6.54，95%CI 2.03~21.08，P=0.0117)，5050位(HR=6.53，95%CI 2.34~18.24，P=0.0030)和5254位(HR=7.76，95%CI 2.41~24.98，P=0.0030)，L1 基因5962位(HR=4.40，95%CI 1.88~10.31，P=0.0110)和6025位(HR=5.71，95%CI 2.43~13.41，P=0.0008)，上游调控区7173位(HR=9.90，95%CI 3.05~32.12，P=0.0007)。

携带≥1个高危HPV16 SNP患者的中位生存时间为3.96年，而没有高危SNP者的为18.67年(P<0.001)。与传统因素(年龄、吸烟、分期、治疗)相比，HPV16 SNP显著提高了对总生存期的预测准确性;C指数增高0.069(95%CI 0.019~0.119，P<0.001);预测5年生存率阳性预测值曲线下面积增高0.068(95%CI 0.015~0.111，P=0.008)。 (编译 段晶耀)