北京大学临床肿瘤学院标本库的运行及实施办法(试行)
京肿科字﹝2007﹞33号
一、总则
肿瘤标本的规范收集和科学管理是研究肿瘤发生、发展过程以及临床疗效评估的重要保证。北京大学临床肿瘤学院(即北京肿瘤医院、北京市肿瘤防治研究所)标本库通过规范化的手段获得完整、高质量的肿瘤组织标本,并予以规范化的分装、储存、定期质检和进行可靠的电子化数据管理。针对部分组织、血液样本进行有计划的二次开发,样本开发过程中对样本质量进行大致评价,进行样本质量的监控,提高样本的利用率。
北京大学临床肿瘤学院标本库属全院所有,向全院科研工作开放。标本库为全院的基础和临床研究提供可靠的资源保障,为促进与提升我院的科研发展与科研水平服务。
二、标本库的管理与人员组成
标本库作为独立科室隶属科研处。标本库设主任1人,负责标本的运行和日常管理。同时由5人组成组织标本管理委员会(基础2人,临床3人),负责审核重要标本的使用申请和相关争端的解决,协商标本库发展、建设的规划等相应事宜。
标本库的工作接受院学术委员会的监督、指导和宏观管理,定期(暂定半年)向学术委员会汇报工作。
标本库暂定专职人员3人,其中2人负责样本的采集、分装、储存以及相关数据的录入,1人负责样本的二次加工以及质量控制。必要时可根据发展需要及工作量进行调整或聘用临时人员。
三、标本库的职能
标本库的基本职能主要为五大部分:样本的采集、分装、储存以及相关数据的录入;样本的二次开发;样本质量的监控;申请的审核以及标本的提供;样本使用的后期监督。在满足基本职能的基础上,标本库也可参与标本相关技术服务与研究,例如提供标本提取技术平台;承担组织库技术人员的专业技术培训,向其它相关单位提供操作规范和常用技术;收集、保护和提供常见原代和传代肿瘤细胞株;制作组织芯片;收集其他正常的器官组织以及稀有肿瘤组织等等。
(一)样本的采集、分装、储存以及相关数据的录入
收集的标本包括血液以及组织。
1)血液样本的采集与分装
由手术室、内外科病房等相关科室配合进行。应当由受过培训的人员来采集病人的血样。在每次治疗前进行全血采集。始终遵循标准防护方法,所有操作均要戴手套。在静脉抽血时,应当使用一次性的安全真空采血管取代传统的针头和注射器,可以使血液直接采集到带塞的运输管中。用完后自动废弃针头。
血液标本最少为10ml, 分装为两管,一份入抗凝管(淡紫色管盖)分离血浆用,一份入非抗凝管(红色管盖)分离血清用。在室温存放时间一般不超过30分钟, 4℃低转速1500-2000 rpm离心10-15 min,分离血清/血浆和血细胞。按照每管100 μl分装于离心管,尽快(离体后4小时内)置于-70℃深低温冰箱中作长期保存。
2)组织样本的采集与分装分离
组织样本采集主要来源于外科手术切除的、或活检等方式取材的正常、良性和恶性肿瘤组织。分离组织部位必须不影响临床病理诊断取材。常规先对大体组织进行常规拍照,组织样本按照大约1立方厘米大小进行分割后,应该尽快冻存于液氮或放置于干冰上,再转移到-70℃冰箱作长期保存。
3)数据库的建设与相关数据的录入
由于新的数据库的完善还需要一个过程,在新的数据库建立之前,仍使用原有的数据系统。现有条件下,对样本的病例号等简单信息进行录入,以便于今后查询以及在今后提供样本时同时提供给研究者。
(二)样本的二次开发
样本的二次加工主要是为了提高样本利用率及方便研究者的工作。由于加工后的样本需要满足不同研究的需要,同时又需要减少因加工步骤过多而产生的损失和关于样本质量的争议,因此暂时规定如下(也可在必要时按照需求进行调整):
1) 首先要保证仍留有足够量的组织和血液样本以备研究者进行特殊类型标本加工要求的需要;
2) 全血DNA:提取的DNA存放于TE中,标准化为1mg/ml,提供OD260/280数值以及电泳图片;按照每管10μg进行分装;
组织DNA:提取的DNA存放于TE中,标准化为1mg/ml,提供OD260/280数值以及电泳图片;按照每管10μg进行分装;
组织RNA:提取的总RNA存放于含DEPC的去离子水中,标准化为1mg/ml,提供OD260/280数值以及电泳图片;按照每管10μg进行分装;也可以根据需要在此后加入3倍于原体积的无水乙醇使核酸沉淀作为存放方式;
组织总蛋白:提取的总蛋白以蛋白颗粒(pellet)的形式存放于醇类溶液中,以满足可能的Western blot,2D IEF以及Trypsin Digestion后蛋白ID鉴定的需要。(此部分由于样本有限,使用需经管理委员会审批。)
(三)样本质量的监控
总RNA和基因组DNA样本应附有琼脂糖凝胶电泳图,RNA样本OD260/OD280应在1.7~2.0之间,28S、18S RNA保持完整,无降解。DNA样本OD260/OD280在1.6~1.8,电泳图像显示有高分子量的核酸片段。蛋白质量的判断暂时以对应RNA完整性作为判断依据。定期对不同存放时间的标本进行抽样质检。抽样质检应包含各存放时期的标本,检测过程可由标本处理室开展,也可定期每二个月收集各标本使用机构的检测结果,以使质检更为客观。
(四)申请的审核以及标本的提供
标本库标本的使用以科研为目的,如果有研究者出于商业目的使用标本,需要经过管理委员会批准,拟按10倍于正常收费标准收费。申请人进行的课题研究本身必须通过伦理道德委员会的批准并在使用标本前提供相关批件。然后按照有关程序提出申请,经过批准后方可使用。对于需求例数大于20例和医院的重要标本,需要通过标本库管理委员会讨论决定。标本库标本实行有偿使用原则。
(五)样本使用的后期监督
样本的使用人有义务向标本库管理委员会反馈标本的使用情况,标本库管理委员会有权利询问标本的使用情况,以防止滥用标本。样本的使用人在不影响其研究利益的情况下,应积极配合提供研究结果,以避免其它研究者进行同一样本的重复研究。使用标本的部门需要在标本库管理委员会备案,每年向委员会汇报一次标本使用情况,并反馈研究结果。
四、标本库的经费来源及管理
标本库在财务处设立独立帐户,专款专用。
申请院外专项经费是用于建立标本库经费的主要来源。根据需要每年可从所内基金中拨出一定的款项以保证标本库的运行。通过有偿服务是标本库经费来源的重要补充。普通标本每份40元,RNA、DNA标本每份60元,cDNA标本每份80元。需标本库专门收集的标本,或者其它特殊加工产物,费用需与标本库协商确定。如果有研究者出于商业目的使用标本,需要经过管理委员会批准,按10倍于正常收费标准收费。标本库经费主要用于标本使用过程的消耗和再建设。
附件目录
1. 标本采集的一般流程
2. 肿瘤组织标本使用的规定
3. 标本库肿瘤标本使用协议书
4. 标本库标本申请书
5. 样本二次加工实施细则
6. 标本库专用数据库
7. 知情同意书
北京大学临床肿瘤学院
二OO七年四月二十日