梅奥诊所综合癌症中心的Perez EA等一项研究指出，乳腺癌固有分子分型并不能替代传统病理分型，但可能会对治疗产生一定的影响。（J Natl Cancer Inst. 2016, 109: djw207）

研究对来自NCCTG协作组N9831试验中的1392例HER2阳性样本使用NanoString平台的Prosigna算法来评估固有亚型，复发风险评分以及风险种类。使用Kaplan-Meier和Cox模型分析，分别对单独化疗组（484例）或化疗联合曲妥珠单抗组（908例）按亚型评估无复发生存。所有数据为双侧检验。

N9831试验中，1392例HER2阳性的患者最初被确定为富含HER2的患者，约占72.1%。这些患者明显受益于曲妥珠单抗治疗（HR=0.68，95%CI 0.52~0.89；P=0.005），而同时Luminal型的患者（291/1392）也明显受益（HR = 0.52，95%CI   0.32~0.85；P=0.01），但是基底样型患者（97/1392）加用曲妥珠单抗和化疗较单纯化疗的无复发生存并没有显著延长（HR = 1.06，95%CI   0.53~2.13；P=0.87）。

在临床上，传统病理分型为HER2阳性的患者，Prosigna算法显示大多分为富含HER2型和Luminal型。单纯的基因分子分型不能替代传统的组织病理学来评估HER2的状态，因为如果病理学分型伴有HER2过表达，那么不论是Luminal A型或Luminal B型都能受益于曲妥珠单抗治疗。然而，在病理学分型HER2过表达的肿瘤中，研究者推断：基因分型为基底样型的患者在评估选择治疗方案时，肿瘤的基因分子分型评估可能会影响治疗。