癌症基因组图谱分析 黑白人种乳腺癌分子特征及生存分析
美国芝加哥大学Dezheng Huo等报告的研究显示,在癌症基因组图谱上,校正了固有基因型频率差异后,黑人患者和白人患者间存在轻微数量的癌症基因差异,但临床生存间存在显著差异。(JAMA Oncol. 2017年5月4日在线版)
非洲裔美国人的乳腺癌死亡率最高。尽管乳腺癌固有基因型分布间存在种族差异是众所周知的,但是否有其他固有的基因组差异导致生存不同尚不清楚。该研究旨在调查在乳腺癌分子特征和生存中的种族差异,并估计乳腺癌亚型的遗传性。
研究者从癌症基因组图谱(TCGA)中获取了浸润性乳腺癌患者队列中的乳腺肿瘤样本和匹配的正常组织样本(截至2015年9月18日)。主要研究终点为无乳腺癌间期、肿瘤分子特征及遗传变异。
该研究入组930例乳腺癌患者,其中154例为非洲裔黑人(诊断时平均年龄为55.66岁,98.1%为女性),776例为欧洲血统白人患者(诊断时平均年龄为59.51岁,99.0%为女性)。
与白人患者相比,黑人患者的无乳腺癌间期更短(HR=1.67,95%CI 1.02~2.74;P=0.043)。以Luminal A亚型为参照,黑人患者有较高的基底样细胞癌(OR=3.80,95%CI 2.46~5.87;P<0.001)和人表皮生长因子受体2(erbB2)乳腺癌亚型概率(OR=2.22,95%CI 1.10~4.47;P=0.027)。黑人患者比白人患者有更多的TP53突变和更少的PIK3CA突变。
虽然校正固有基因型后多数分子差异被消除,但研究发现了16个DNA甲基化探针、4个DNA拷贝数异常、1个蛋白和142个差异性表达的基因,基于基因特征,可较好地区分黑人患者与白人患者的乳腺肿瘤(交叉验证C指数为0.878)。使用种系基因型,乳腺癌亚型(基底与非基底)的遗传率估计为0.436(P=1.5×10-14)。由89个已知易感基因变异构建的雌激素受体阳性多基因风险评分在黑人患者中高于白人患者(差异为0.24,P=2.3×10-5),而雌激素受体阴性多基因风险评分在黑人患者中高得多(差异为0.48,P=2.8×10-11)。
超过40%的乳腺癌基因型频率差异可由遗传基因变异来解释。这些研究数据可作为探讨分子靶向治疗的基础,以改善乳腺癌特定亚群(如黑人患者)的临床转归。研究结果还表明,个性化风险评估和最佳治疗可以减少黑人妇女侵袭性乳腺癌的死亡情况。
(编译 袁丹丹)