北京市肿瘤防治研究办公室(以下简称“北京肿瘤防办”)由北京市卫健委领导，挂靠北京大学肿瘤医院、北京市肿瘤防治研究所，前身是成立于1969年的北京市肿瘤协作组，是北京市卫健委7个慢性病防治办公室中成立最早的一个，1976年北京肿瘤防办正式成立。

北京肿瘤防办下设肿瘤登记随访和癌症筛查两个组。肿瘤登记随访组原属北京市肿瘤防治研究所流行病学研究室，2010年8月并入北京肿瘤防办。肿瘤登记随访组负责北京地区户籍人口中全部新发恶性肿瘤病例的登记报告工作，利用北京市卫生统计信息平台收集以人群为基础的肿瘤发病和死亡信息。这些信息经过整理、剔重、补漏、修改，每年按肿瘤不同部位、性别、年龄分别计算发病数(死亡数)、百分比构成、发病率(死亡率)、中国标化率、世界标化率、累积率、截缩率和顺位等指标。肿瘤登记随访组自1977年起收集资料，建立了网络平台化的北京市肿瘤病例发病和死亡数据库，并在此基础上开展北京市肿瘤发病与死亡的癌情监测，为政府提供准确可靠的肿瘤发病及死亡信息。北京市癌症发病和死亡数据先后四次被国际癌症研究中心(IARC)《五大洲癌症发病率》(Cancer Incidence in Five Continents)的第Ⅷ卷、Ⅹ卷、Ⅺ卷及Ⅻ收录，随访数据被全球癌症生存项目(CONCORD 2和CONCORD 3)收录。这标志着北京市肿瘤发病、死亡及生存数据质量得到国际同行专家的广泛认可，达到世界前列水平，对于北京市肿瘤流行病、临床等领域的国际交流起到推动作用。

癌症筛查项目组于2012年开始承担国家重大公共卫生服务项目城市癌症早诊早治项目，在北京市9个区开展肺癌、乳腺癌、肝癌、上消化道癌和结直肠癌的筛查工作。同时承担了国家医改重大专项农村结直肠癌和肺癌早诊早治项目，在11个区开展肺癌和结直肠癌的筛查工作。曾获得“国家城市癌症早诊早治项目最佳现场组织奖”、“城市癌症早诊早治项目癌症早诊早治影响力奖”、“北京市城市癌症早诊早治项目优秀组织奖”。2014年，北京肿瘤防办癌症筛查项目组率先搭建了全国首个基于癌症筛查的大数据信息平台，现覆盖全市150余家社区卫生服务中心和50余家筛查定点医院。平台实现了从居民高危评估、预约、临床筛查、结果录入到信息汇总分析等全流程网络在线管理。北京市居民早诊早治大数据平台的建立，提升了管理效率，提高了数据管理质量，为政府制定有效的癌症二级防控策略和提供癌症高危居民精准慢病管理积累了宝贵经验与数据支持。

近年来，北京肿瘤防办科室发展迅速，曾先后承担北京市肿瘤监测系统的建设和北京市肺癌、乳腺癌流行病学调查等科研项目。现任主任为季加孚教授，副主任为王宁副研究员，另有专职工作人员7名。