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液体活检技术新突破 AI验血早期检出肺癌

发表时间:2020-04-23

    《自然》杂志发表美国斯坦福大学人工智能用于液体活检领域的研究进展。研究者开发出一种机器学习模型,通过分析血液中的DNA突变,可以鉴别出早期肺癌患者。

    近年来,液体活检技术成为了学界关注焦点,大部分液体活检技术测的是循环肿瘤DNA(ctDNA),通过测序了解肿瘤细胞内的基因突变情况。问题是在肿瘤还很小的癌症早期阶段,血液中的ctDNA还很少。

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    有研究显示,大多数Ⅰ期肺癌患者血液内ctDNA水平不到0.1%,如何将这些DNA片段中的致癌突变与体内正常细胞中更为常见且基本无害的DNA突变区分开,是一个巨大的挑战,这也是为什么目前ctDNA主要用于晚期癌症检测。

    为了把ctDNA检测应用到癌症早期筛查中,斯坦福大学研究者改进了现有的ctDNA检测技术。研究者过去合作开发了一种癌症个体化深度测序(CAPP-Seq)的分析方法,可以捕获患者血液样本中极少量的ctDNA,检测与非小细胞肺癌相关的突变。

    利用改进的技术,研究者发现,半数Ⅰ期肺癌患者的ctDNA水平比过去公认的要低,低于0.01%,但可以在42%的Ⅰ期患者、67%的Ⅱ期患者中检测到ctDNA。评估ctDNA水平和临床结局的关联发现,ctDNA水平除了可用来指示分期,还可作为有力的预后指标,指示复发、转移的可能性。

    在确定肺癌来源的ctDNA特征,及其与血液内正常造血细胞释放的DNA片段的突变差别后,研究者开发了一种评估肺癌的人工智能程序,他们称之为“血浆中肺癌可能性”(Lung-CLiP)。

    这套系统把分子测序与机器学习整合在一起,训练AI“验血”,评估血液中检测到的游离DNA片段,有多大可能源自肺部肿瘤,并且根据临床需求调整敏感性和特异性的平衡。

    研究者先给模型提供了104例早期非小细胞肺癌患者的样本和56例非癌的对照样本,这些对照组在年龄、吸烟史等因素上同属于肺癌高风险人群。研究者希望在训练后,人工智能可以把患者与未患癌的高风险人群区分开来。训练完毕后,通过另一组由46个早期病例和48例对照的独立队列,验证了Lung-CliP的筛查能力。

    研究者认为,虽然目前尚不完美,但有了像这样的检测方法,有望识别出大部分还处于早期阶段的疾病,在治愈可能性很高的阶段干预治疗。期待经过大样本验证后,人工智能助力的液体活检技术可帮助更早发现肺癌,挽救更多生命。

    (编译 赵金泽)