表观遗传学检测可“揪”出肿瘤原发灶
原发灶不明的肿瘤,终于可以不那么“神秘叵测”了。研究发现,表观遗传学检测,通过DNA甲基化状态,能判断出肿瘤的原发灶所在,准确率高达87%。(Lancet Oncol. 2016年8月26日在线版)
究者设计了名为EPICUP的检测分析,基于芯片DNA甲基化标志物来区分肿瘤类型,在2790例样本组成的试验集中分析了38种未知肿瘤,进而在7691例样本的验证集中对已知肿瘤类型进行了验证分析,又在216例未知肿瘤类型样本集中进行了预测分析。
研究详情
研究者最初从693例样本中检测DNA甲基化标志物,得到38种肿瘤的DNA甲基化谱。用基因芯片方法确定了人类基因组50万CpG岛的甲基化状态,人类基因组计划(TCGA)也用的同样的方法分析大量人类肿瘤甲基化状态。研究者纳入2098例未知部位肿瘤样本,组成共2790例的样本集;另纳入1948例PEBC队列的独立样本和5743例来自TCGA的样本,涵盖相同的38种肿瘤。
分析发现,EPICUP检测在验证集中区分肿瘤类型的特异性(真阴性率)为99.6%,敏感性(真阳性率)为97.7%,阳性预测值为88.6%,阴性预测值为99.9%。用于534例未知原发灶的转移病灶分析,EPICUP可正确地区分其中501例(94%)转移灶的肿瘤类型。
研究还发现,EPICUP中所用样本类型,不影响其预测肿瘤类型的效能,用新鲜冷冻标本或福尔马林固定石蜡包埋的样本都行。这很大程度上解决了临床上组织样本的实际问题。
研究者用EPICUP对216例未知部位肿瘤患者进行了分析验证,188例标本被EPICUP准确预测了原发部位,准确性在96%~100%(1例尸检、181例光学显微镜检、43例免疫组化特定标志物检测)。
研究者分析了EPICUP预测原发部位后治疗(31例)与经验治疗(61例)患者,接受预测部位后相应治疗的患者总生存显著较长(P=0.0029)。不过这是回顾性分析,不是前瞻性试验设计,另外确定原发灶后的相应的合适的治疗如何界定,也是问题。这一检测能预测原发灶,这没问题,但这种预测能否就此改善患者转归,还悬而未决。
研究者说和评论
研究者认为,该研究最重要的意义在于,如果能准确判断发生转移的原发肿瘤灶所在,从而接受相应的治疗可能因此改善患者的总生存,EPICUP就能达到这样的期冀。
许多基因都有肿瘤特异性的DNA甲基化状态,异常DNA甲基化在人类肿瘤中无所不在。研究者基于DNA甲基化状态用表观遗传学作为分子标志物来判断肿瘤原发灶,结果令人振奋。
有评论者指出,尽管研究者在结论中很有信心地指出,尽管这一检测可很准确地告诉我们原发肿瘤位置,到底这是否能为患者真正带来获益还需要前瞻性研究进行探讨。
也有医生用一些诊断性手段比如Pathway Diagnostics和BioTheranostics Cancer Type ID等,这些预测肿瘤来源的准确性也在75%~92%,这些检测基于mRNA表达,不是很稳定,EPICUP可能是最行之有效的。不过所有这些检测手段均未获得美国国家癌症综合网络(NCCN)推荐。除非确证可为患者带来明确获益,否则不宜在临床上常规应用。
(编译 王岚)
