北京大学肿瘤医院

返回

顶部

网站导航

250-251期(完成版)-1.jpg

结直肠癌共识分子亚型中基因表达调控研究

作者: 来源: 发布时间:2020-02-14

结直肠癌中细胞毒性T淋巴细胞(CTLs)浸润水平较低是免疫疗法的一大挑战。结直肠癌的共识分子亚型(CMS)基于肿瘤属性对患者进行了分类,其中CMS1患者占绝大多数,这类患者表现为高水平的CTL浸润和以及“炎性”肿瘤。表观遗传修饰在基因表达和治疗耐药中起关键作用。在当前研究中,研究者比较了CMS1类患者与其他CMS类患者的DNA甲基化、基因表达和CTL浸润,以确定能够改善CRC中免疫治疗的靶点。(摘要号25)

基于TCGA中RNA测序(511例)以及DNA甲基化(316例)的相关数据探索不同CMS患者基因表达以及甲基化的特征。以CMS1为参考,与其他亚型(CMS2~4)进行比较。基于MCPcounter的方法对肿瘤CTL的浸润水平进行测定。

CMS1和CMS2相比,ARHGAP9、TBX21以及LAG3甲基化水平存在差异,并与CTL评分相关。CMS2中,ARHGAP9和TBX21表达降低,且呈现低甲基化。CMS1和CMS3相比,CMS3中ARHGAP9、TBX21、FMNL1、HLA-DPB1、STX11表达水平均下调,且与CTL评分高度相关。CMS3中ARHGAP9、FMNL1、HLA-DPB1和STX11的甲基化程度较低,TBX21在两组中均存在甲基化但在CMS1中甲基化水平较高。CMS1和CMS4相比,CMS4患者中TBX21是唯一出现下调、低甲基化的基因,且与CTL评分高度相关。

研究者将CMS1与其他CMS组进行比较,发现有6个基因存在表达以及甲基化的差异,且与CTL浸润水平呈现高度相关。与CMS1相比,TBX21是CMS2-4中唯一一个存在基因表达以及甲基化差异,且与CTL评分高度相关的基因。T-bet可能是CRC中T细胞反应的关键调控因子。

(编译 赵英颖)


448bd88bf83dbfe2d60492be5eb5270f